وجود ال کارنتین برای انتقال اسیدهای چرب با زنجیره بلند به داخل میتوکندری و در نتیجه متابولیسم آن ضروری است. به علاوه ال کارنتین اسیدهای چرب با زنجیره متوسط و کوتاه را از میتوکندری حذف می کند و به این ترتیب سطح کوآنزیم A را در میتوکندری ثابت نگه می دارد.

 حدود 60 تا 75 درصد ال کارنتین موجود در مواد غذایی جذب می شود. ال کارنتین به پروتئین های پلاسمایی متصل نمی شود و به طور وسیع در بیشتر بافتهای بدن توزیع می شود.

ال کارنتین بعد از متابولیسم از طریق ادرار و مدفوع از بدن دفع می شود.